En fecha 1 de mayo del 2006, se dicta el DS. 28701 “Héroes del Chaco” por el cual el gobierno nacionaliza los recursos naturales hidrocarburíferos del país y recupera a favor del Estado, el control y dirección de la cadena de hidrocarburos. Este decreto dispone la nacionalización de las acciones necesarias, para que YPFB controle el cincuenta por ciento más uno (50% + 1) de cinco (5) empresas del sector petrolero, entre ellas Petrobras Bolivia Refinación S.A. (PBR).
Como resultado de un proceso de negociación entre YPFB y PBR, el Poder Ejecutivo dispone mediante DS. 29128 la compra del cien por ciento (100%) de las acciones que conforman PBR.
El 28 de junio de 2007, la sociedad modificó su denominación de Petrobras Bolivia Refinación S.A. (PBR) a Yacimientos Petrolíferos Fiscales Bolivianos Refinación Sociedad Anónima (YPFB REFINACION S.A.).
YPFB REFINACIÓN S.A. ejerce un papel esencial actuando en el rubro de refinación de petróleo operando las dos refinerías más grandes de Bolivia refinerías Guillermo Elder Bell (RSCZ) y Gualberto Villarroel (RCBA), almacenamiento, transporte y comercialización de carburantes y lubricantes.
Con la nueva administración, se continúan las actividades de la empresa manteniendo y aplicando prácticas de gestión, seguridad, medio ambiente y salud cumpliendo normas internacionales.
Entre ambas refinerías se posee una capacidad de procesamiento de 43,600 barriles de petróleo por día, lo cual equivale aproximadamente el 87% de la producción de crudo de Bolivia. YPFB REFINACION S.A., abastece la totalidad de la demanda interna de Gasolina Especial, Gasolina Premium, Gasolina de Aviación, Jet Fuel y Kerosene, más del 55 % del consumo de Diesel Oil y más del 20 % de la demanda interna de GLP.
La producción de lubricantes y grasas con la marca YPFB es realizada en la Planta de Lubricantes de la Refinería Gualberto Villarroel y son comercializados por YPFB REFINACION S.A., logrando cumplir con el abastecimiento de más del 60% de la demanda del país de lubricantes terminados.